Neyser Villarreal no se ha presentado a los entrenamientos con Millonarios después de su destacada participación en el Mundial Sub-20 de Chile 2025, donde fue goleador de Colombia con 5 tantos y clave en el tercer puesto del equipo.
El club lo citó para reintegrarse el lunes 20 de octubre de 2025, pero el jugador no asistió ni se comunicó, a diferencia de su compañero Carlos Sarabia, quien sí cumplió. Esto generó un nuevo conflicto, similar al que ocurrió tras el Sudamericano Sub-20 en enero de 2025, cuando también se ausentó y fue multado, pero luego perdonado.
Millonarios inició un proceso administrativo contra Villarreal el 23 de octubre, notificándole formalmente por su ausencia injustificada y falta de comunicación, pese a que su contrato vigente finaliza el 30 de noviembre de 2025. Fuentes indican que el jugador rechazó renovar y firmó un precontrato con Cruzeiro de Brasil, lo que ha tensado la relación, ya que Millonarios se siente perjudicado al no recibir compensación económica por su salida.
Declaraciones de César Torres, DT de Colombia Sub-20: El 24 de octubre, en DirecTV Sports, Torres reveló que volvió a contactar a Villarreal el miércoles y le insistió: «Necesitas presentarte urgentemente, porque es mejor salir bien y dejar puertas abiertas». El jugador accedió y confirmó que ya habló con el DT Sub-20 de Millonarios para resolverlo, aunque Torres lamentó las «diferencias» y errores de ambas partes. Millonarios respondió negando la falta de citación y reafirmando que el proceso sigue en pie.