Santa Fe quedó eliminado en la segunda fase de la Copa Libertadores 2025 a las puertas de la fase de grupos. A pesar de vencer 2-1 a Deportes Iquique 2-1 en el partido de vuelta, con el 3-3 en el global, la serie se definió en la vía del punto penal en la que el equipo chileno fue más contundente y avanzó en el certamen Conmebol tras imponerse 2-1 en los cobros.
Luego de la eliminación del cuadro Cardenal en el evento continental, el técnico Pablo Pereirano ya no es más el técnico de Independiente Santa Fe y ya le buscan reemplazo.
Al no clasificar a la fase de grupos de la Copa Libertadores, Santa Fe dejará de percibir una importante inyección económica que le da el jugar el torneo con su respectiva boletería y premiación a partidos ganados, además, queda sin chances de jugar torneo internacional, pues de fracasar en grupos al menos habría alcanzado la Copa Sudamericana, algo que no sucederá.
A pesar de haber igualado la serie 3-3 ante Deportes Iquique, Santa Fe se despidió de manera tempranera en la Libertadores 2025, luego de caer en los lanzamientos desde el punto penal por 2-1, sellando así una vergonzosa eliminación.
Por otro lado, es de agregar que, a la fecha, Santa Fe está en el puesto 14 de la clasificación de la liga colombiana con 6 puntos.